¡Recientemente, descubrí algo increíble!Muchos profesionales de experimentos avanzados a su alrededor ni siquiera conocen algunos puntos de conocimiento experimental muy básicos.

Por ejemplo, ¿puedes responder las siguientes preguntas?

¿Hay alguna diferencia entre OD260 y A260?¿Qué significa cada uno?
OD es la abreviatura de densidad óptica (densidad óptica), A es la abreviatura de absorbancia (absorbancia), los dos conceptos son en realidad lo mismo, "densidad óptica" es "absorbancia", pero "densidad óptica" está en línea con la mayoría de los estándares nacionales y más estandarizados.

Por lo general, medimos el valor de OD a 260 nm para calcular la concentración de ácido nucleico, entonces, ¿qué representa 1OD?
El ácido nucleico tiene un pico máximo de absorción a una longitud de onda de 260 nm, que contiene tanto ADN como ARN, así como fragmentos de ácido nucleico fragmentados (este es el punto clave).
El valor de DO medido a una longitud de onda de 260 nm se registró como DO260.Si la muestra es pura, el valor OD260 puede calcular la concentración de la muestra de ácido nucleico.
1 OD260 = 50 μg/ml dsDNA (ADN de doble cadena)
=37 μg/ml ssDNA (ADN monocatenario)
=40 μg/ml ARN
=30 μg/ml de dNTP (oligonucleótidos)
¿Hay alguna conexión y diferencia entre RT-PCR, Realtime-PCR y QPCR?
RT-PCR es la abreviatura de PCR de transcripción inversa
Real Time PCR=qPCR, abreviatura de Quantitative Real Time PCR
Aunque la PCR en tiempo real (PCR cuantitativa fluorescente en tiempo real) y la PCR de transcripción inversa (PCR de transcripción inversa) parecen abreviarse como RT-PCR.Pero la convención internacional es: RT-PCR se refiere específicamente a PCR de transcripción inversa.

¿Cuáles son los nt, bp y kb comúnmente utilizados para describir la longitud del ADN/ARN en biología?
nt = nucleótido
pb = par de bases par de bases
kb = kilobase

¡Por supuesto, dirías que a muchas personas no les importan estos pequeños detalles!Todo el mundo hace esto, y nadie te preguntará qué es.Sabes que esto es innecesario, ¿verdad?

¡No, No, No, es muy necesario saber esto!¿por qué?
¡Porque quieres publicar un artículo!¡Hermano!Ya sea que desee graduarse o buscar logros en la investigación científica, ¡debe confiar en los artículos para hablar!

La extracción de ácido nucleico debería ser el experimento más simple y básico.La calidad de la extracción de ácidos nucleicos determina directamente los resultados de los experimentos posteriores.

Aunque lo he dicho muchas veces, todavía hay muchos amigos a los que no les importa.¡Esta vez decidí salir del artículo!

Información mínima para la publicación de experimentos de PCR cuantitativos en tiempo real, denominada MIQE, es un conjunto de directrices para experimentos cuantitativos de fluorescencia lanzado internacionalmente, que propone estándares mínimos para la información experimental necesaria para evaluar experimentos de PCR cuantitativa de fluorescencia y publicar artículos.A través de las condiciones experimentales y los métodos de análisis proporcionados por el experimentador, los revisores pueden evaluar mejor la validez del esquema experimental del investigador.

Se puede observar que en el apartado de extracción de ácidos nucleicos se han propuesto los siguientes elementos de detección,

“E” indica información que debe proporcionarse y “D” indica información que debe proporcionarse si es necesario.

El formulario es muy complicado, de hecho, quiero decir que todos deben comenzar desde

pureza (D), rendimiento (D), integridad (E) y consistencia (E) para evaluar los ácidos nucleicos en estos cuatro aspectos.

De acuerdo con los hábitos experimentales, primero hable sobre los métodos de evaluación de pureza y concentración.

La medición de OD es el método de detección favorito y más fácil para los experimentadores.En cuanto al principio, no entraré en detalles aquí.Muchos laboratorios ahora usan espectrofotómetros ultramicro para analizar cuantitativamente directamente las muestras de ácido nucleico.Mientras muestra el valor de absorbancia, el programa proporciona directamente el valor de concentración (ácido nucleico, proteína y colorante fluorescente) y las proporciones relacionadas.En cuanto al análisis del valor OD, guarde esta imagen y estará bien.

Lista de soluciones de valor OD universal

Sin embargo, hay algunas advertencias que deben mencionarse por separado.

(¡Después de todo, sé que ustedes deben ser los que ahorran y esperan hasta que los necesiten!)

Nota 1 Equipo

El valor de OD se verá afectado por diferentes equipos.Siempre que el OD260 esté dentro de un cierto rango, los valores de OD230 y OD280 son significativos.Por ejemplo, el rango de absorbancia del Eppendorf D30 común a 260 nm es de 0~3 A, y el NanoDrop One de Thermo es de 260 nm.El rango de absorbancia de 0.5~62.5A.

Nota 2Reactivo de dilución

El valor de la DO puede verse afectado por la dilución de diferentes reactivos.Por ejemplo, la lectura de OD260/280 de ARN purificado en pH7,5 10mM trisbuffer está entre 1.9-2.1, mientras que ensolución acuosa neutrala proporción será menor, tal vez solo 1.8-2.0, pero esto no significa que la calidad del ARN cambie la diferencia.

Nota 3Sustancias residuales

La existencia de sustancias residuales afectará a la precisión de la medición de la concentración de ácidos nucleicos, por lo que es necesario evitar en la medida de lo posible los residuos de proteínas, fenol, polisacáridos y polifenoles en las muestras de ácidos nucleicos.

Sin embargo, de hecho, la extracción con reactivos orgánicos es un método antiguo.En los kits comerciales, el efecto de extracción se puede lograr a través de una columna de adsorción a base de sílice combinada con centrifugación, evitando reactivos orgánicos tóxicos y nocivos que son difíciles de eliminar, etc. El problema, comoKit de extracción de ácido nucleico de Foregene, no utiliza DNasa/RNasa y reactivos orgánicos tóxicos durante toda la operación, rápido y seguro, y elel efecto esbien(accidentalmente dijo que era calvo, pero sé que quieres saberlo).

Ejemplo 1: rendimiento y pureza de la extracción de ADN genómico

El kit de aislamiento de ADN del suelo de Foregene (DE-05511) trata muestras de suelo de varias fuentes, y la cantidad y la pureza del ADN genómico obtenido se muestran en la siguiente tabla:
Ejemplo 2: rendimiento y pureza de la extracción de ARN tisular

Animal Total RNA Isolation Kit (RE-03012) procesó varias muestras de tejido, y la cantidad y la pureza del ARN obtenido se muestran en la siguiente tabla (para tejido de ratón):
Sin embargo, no crea que ha terminado con el valor de OD.¿Tienes algún cuidado de los puntos clave que dibujé para ti en el frente?

Aviso

Las moléculas de ácido nucleico fragmentadas también se calcularán en la absorbancia.Suponiendo que tiene residuos de ADN genómico en el ARN, su valor de OD parecerá muy alto, pero no se puede determinar la concentración real de ARN.Si su ARN es No está claro si hay degradación, por lo que todavía necesitamos un método de evaluación integral para dar un juicio más preciso, es decir, la evaluación de la integridad del ácido nucleico mencionada en MIQE.